Después de no poder salvar la ciudad, Bruce se despierta en un apartamento, donde se encuentra con el hijo de Lucius Fox. Al preguntarle Bruce cuanto tiempo había estado inconsciente, éste le dice que desde año nuevo, cosa extraña para Bruce ya que lo acontecido fue en verano. Al asomarse a la ventana descubre la nueva ciudad, Gotham reinada por Riddler. Desde entonces comenzó el dicho «Año Cero», llamado así por Riddler que ha impuesto un nuevo calendario y obligado a los habitantes a cumplir una sola regla, ser listos, o morir. Riddler controla todos los puntos de acceso a la ciudad, no solo eso, sino que ha cubierto el cielo con globos meteorológicos repletos de productos químicos letales para que si alguien pasa el limite de la ciudad, pueda esparcir estos compuestos y asesinar a la población.
Todos los días, al anochecer, Riddler sale por una pantalla gigante que hay en una torre del centro de la ciudad para que algunos de los habitantes le planten un acertijo que no pueda resolver. Si alguien lo consigue devolverá la ciudad a sus habitantes. Entre tanto, Jim Gordon intenta encontrar el centro de operaciones de Riddler, pero es descubierto por este, el cual lo intenta matar solo si falla el acertijo puesto por Riddler. El comisario es rescatado por Batman, que ahora lleva un aspecto mas distinto al habitual.

Ahora, con la ayuda de Jim y Lucius, Batman planea conseguir la localización de Riddler, mientras Batman lo distrae con un acertijo. Riddler no cede ante Batman y lleva a Batman ante una trampa, el murcielago hace lo posible para ganar tiempo, mientras el dispositivo de Lucius rastrea la señal de Riddler. Consiguen encontrar el origen de la señal y Batman se apresura a llegar allí para acabar con esta situación, pero era otra trampa de Riddler. Consiguen escapar de Nigma, y Batman por fin consigue el verdadero paradero de Riddler gracias a las pautas de las señales que se creaban con los dispositivos de Nigma. Batman llega al sitio y se encuentra cara a cara con Nigma, pero este no ha terminado con sus trucos y empieza la fase final.
Batman esta rodeado por un campo de lasers, este campo se ira reduciendo a medida que Batman vaya resolviendo los acertijos que Riddler le imponga. Después de unos cuantos, Batman se da cuenta de que los lasers no son reales y consigue agarrar a Nigma y golpearlo hasta dejarlo inconsciente, acabando por fin con el «Año Cero». Un mes después, la ciudad ha vuelto a su normalidad, con Riddler entre rejas y empresas Wayne ayudando a reconstruir Gotham.







